十年前,几乎毁灭世界的大灾难中,卫宫士郎被魔术师卫宫切嗣所救,成为其养子。十年后,士郎为履行与已故的养父之间的约定——成为正义的伙伴,而每日不停的进行魔术锻炼。偶然的一天,士郎被卷入了称为圣杯战争的魔术师之间的对决。规则是一位魔术师与一位英灵结成契约。所谓圣杯战争,胜利者可以获得圣杯来实现任何愿望。于是,七位魔术师与七位英灵一起加入了这个为了创造奇迹的厮杀之中。卫宫士郎深知,十年前的那场大灾难就是圣杯战争引起的,为了避免悲剧再次发生,他与自己的英灵Sabar一起,投身于这充满危险与艰辛的圣杯战争之中。